Ségur numérique, vague 2 : la mise à jour de votre logiciel d'officine financée par l'État, ce que vous pouvez exiger de votre éditeur
Un arrêté du 29 octobre 2026, publié au Journal officiel du 3 novembre, lance la vague 2 du Ségur numérique pour les logiciels de gestion d'officine. L'État finance les éditeurs pour mettre à jour le logiciel des pharmacies : Mon espace santé, INS, MSSanté, ordonnance numérique, Pro Santé Connect. Reste à charge nul, clés de sécurité, formation, calendrier, pièges du bon de commande : le point d'après l'arrêté et le projet d'appel à financement de l'Agence du numérique en santé.
Un arrêté du 29 octobre 2026, publié au Journal officiel du 3 novembre et en vigueur le lendemain, crée la vague 2 du programme de financement des logiciels de gestion d'officine (LGO) issu du Ségur de la santé, dans la continuité de la vague 1 lancée par un arrêté du 2 février 2022. L'État ne verse rien aux pharmaciens : il finance les éditeurs et distributeurs de logiciels qui réalisent la mise à jour dans les officines, à condition que leur logiciel soit référencé par l'Agence du numérique en santé (ANS), qui gère le dispositif et peut contrôler, retirer le référencement et exiger le remboursement des sommes versées. Selon le projet d'appel à financement publié par l'ANS en juillet 2026, dont la version définitive reste à mettre en ligne, la mise à jour se fait sans reste à charge pour l'officine. Elle comprend l'accès à Mon espace santé depuis le logiciel, l'envoi systématique des documents au DMP, l'INS, la messagerie MSSanté, l'ordonnance numérique, l'application carte Vitale et l'authentification forte par Pro Santé Connect, avec trois clés de sécurité fournies, une formation d'une heure au moins pour chaque utilisateur et la maintenance jusqu'à quatre ans. L'éditeur ne peut pas conditionner la commande à un réengagement ou à l'achat d'une autre option. Le financement est plafonné entre 918 et 1 285 euros TTC selon le chiffre d'affaires de l'officine. Selon la situation de l'officine, il relève soit d'une décision européenne sur les services d'intérêt économique général, soit du régime des aides dites de minimis ; dans ce second cas, le titulaire doit déclarer les autres aides du même type déjà reçues. Selon ce projet, les bons de commande doivent être signés dans les 19 mois suivant la parution de l'arrêté et la mise à jour réalisée dans les 27 mois.
Votre logiciel d'officine va changer, et c'est l'État qui paie. Un arrêté publié au Journal officiel du 3 novembre 2026 lance la vague 2 du Ségur numérique pour les pharmacies. L'argent ne va pas au pharmacien mais à son éditeur, à condition qu'il fasse la mise à jour. Ce que vous pouvez en attendre, et ce que vous pouvez exiger.
Le texte
| Point | Selon l'arrêté du 29 octobre 2026 |
|---|---|
| Publication | Journal officiel du 3 novembre 2026, entrée en vigueur le lendemain |
| Objet | Financer la mise à jour des logiciels de gestion d'officine (LGO), « vague 2 » |
| Continuité | Après la vague 1, créée par un arrêté du 2 février 2022 |
| Qui reçoit l'argent | Les éditeurs et distributeurs de logiciels, en contrepartie d'une mise à jour réalisée au bénéfice des pharmacies |
| Condition | Un logiciel référencé par l'Agence du numérique en santé (ANS) |
| Gestion | L'ANS, qui peut contrôler les éditeurs, retirer le référencement et exiger le remboursement des sommes versées |
| Détails | Trois annexes (exigences techniques, référencement, appel à financement) publiées sur le site de l'ANS |
Une précision avant de lire la suite
L'arrêté renvoie les modalités pratiques à trois annexes publiées sur le site de l'ANS. Au 3 novembre, la page affiche encore les projets de juillet 2026, présentés comme indicatifs et susceptibles d'évoluer. Tout ce qui suit sur le contenu de la mise à jour, les montants et le calendrier vient de ce projet d'appel à financement. Nous mettrons l'article à jour à la publication de la version définitive.
Ce que la mise à jour apporte
Selon l'ANS, le logiciel mis à jour doit permettre de :
- consulter Mon espace santé et y envoyer les documents produits, directement depuis le logiciel ;
- systématiser l'INS, l'identité nationale de santé, et connaître facilement le statut d'identité d'un patient ;
- échanger des documents par MSSanté avec les autres professionnels et, le cas échéant, avec les patients ;
- dispenser une ordonnance numérique et utiliser l'application carte Vitale ;
- se connecter avec Pro Santé Connect et des clés de sécurité, en authentification forte ;
- faire remonter automatiquement des données épidémiologiques.
Ce que l'officine reçoit, sans payer
| Élément | Selon le projet d'appel à financement |
|---|---|
| Coût pour l'officine | Reste à charge nul, malgré toute clause contraire du contrat avec l'éditeur |
| Clés de sécurité | Trois clés compatibles Pro Santé Connect fournies, avec l'aide à leur activation |
| Formation | Au moins une séance collective d'une heure pour chaque utilisateur, pharmaciens et préparateurs, en présentiel ou en webinaire, avec support et enregistrement |
| Autoformation | Contenus en ligne (vidéos, e-learning) pour chaque fonction nouvelle |
| Maintenance | Des nouvelles fonctions, pour la durée restante du contrat de maintenance, dans la limite de quatre ans |
| Installation | Jusqu'à l'activation effective des fonctions, y compris hors horaires d'ouverture selon un calendrier convenu |
L'ordonnance numérique pourra être activée plus tard, après des tests menés par l'Assurance maladie, mais la formation correspondante reste due.
Ce que l'éditeur n'a pas le droit de faire
Selon le projet, la commande de la mise à jour ne peut pas être conditionnée :
- à un réengagement contractuel ;
- à la souscription payante d'une option ;
- à l'achat d'un autre produit ou service.
L'éditeur peut exiger de passer d'abord à la dernière version du logiciel, mais ce rattrapage ne peut être facturé que si la version installée a été déclarée obsolète auprès de l'ANS, avec des limites : la version référencée en vague 1 et les suivantes ne peuvent pas l'être. L'ANS publie la liste des versions déclarées obsolètes.
Le bon de commande et la facture
| Point | Selon le projet |
|---|---|
| Intitulé | Une ligne « Prestation Vague 2 » ou « Prestation Vague 1 + Vague 2 », avec son montant |
| Mention | « Montant de la Prestation Ségur pris en charge par l'État au titre du Ségur de la santé » |
| Contenu | Aucune autre prestation sur ce bon de commande |
| Total | Jamais égal à zéro : le montant financé par l'État doit apparaître, sur le bon de commande comme sur la facture |
| Commande avant référencement | Possible, mais conditionnelle : l'éditeur doit alors obtenir le référencement, et prévenir l'officine s'il n'y parvient pas |
| Une seule commande | Par officine, identifiée par son numéro FINESS |
À la fin, le titulaire signe une vérification d'aptitude : il y atteste que les fonctions clés marchent réellement, dont au moins cinq connexions réussies avec Pro Santé Connect dans l'officine.
Vague 2 seule, ou vagues 1 et 2
| Situation de l'officine | Prestation |
|---|---|
| Logiciel déjà conforme à la vague 1 | Prestation Vague 2 |
| Ni prestation vague 1 financée, ni mise à jour vague 1 payée par l'officine | Prestation Vague 1 + Vague 2 |
Combien l'État paie à l'éditeur
Selon le projet, le financement est plafonné selon le chiffre d'affaires de l'officine en médicaments remboursés, hors médicaments chers.
| Chiffre d'affaires annuel | Vague 2 (TTC, TVA 20 %) | Vagues 1 + 2 (TTC, TVA 20 %) |
|---|---|---|
| Jusqu'à 800 000 € | 918,00 € | 1 143,00 € |
| 801 000 à 1 300 000 € | 1 040,40 € | 1 295,40 € |
| 1 301 000 à 2 600 000 € | 1 162,80 € | 1 447,80 € |
| Plus de 2 600 000 € | 1 285,20 € | 1 600,20 € |
L'éditeur reçoit 40 % en avance et le solde après la vérification d'aptitude. Il ne peut rien percevoir d'autre de l'officine au titre de cette mise à jour.
Le point à ne pas oublier : les aides « de minimis »
Selon le projet, le régime européen applicable dépend de la situation du client :
- s'il s'agit d'une personne morale identifiée par un numéro FINESS, le financement relève de la décision 2012/21/UE de la Commission européenne ;
- dans les autres cas, il relève du règlement (UE) 2023/2832 sur les aides de minimis, qui plafonne les aides publiques qu'une entreprise peut recevoir. Le titulaire doit alors déclarer, avant l'octroi, les autres aides du même type déjà perçues, et l'organisme payeur tiendra compte des financements Ségur déjà versés.
Votre éditeur ou votre expert-comptable peut vous indiquer dans quel cas se trouve votre officine.
Le calendrier
Selon le projet, les délais courent à partir de la parution de l'arrêté au Journal officiel, le 3 novembre 2026 :
| Échéance | Délai | Date correspondante |
|---|---|---|
| Dossier administratif des éditeurs à l'ANS | 6 mois | Début mai 2027 |
| Dossier complet de preuves de conformité | 15 mois | Début février 2028 |
| Signature du bon de commande par l'officine | 19 mois au plus | Début juin 2028 |
| Mise à jour réalisée dans l'officine | 27 mois au plus | Début février 2029 |
Au comptoir, côté titulaire
- Ne rien payer : la mise à jour vague 2 est financée par l'État ; selon le projet de l'ANS, un devis qui vous facture la prestation ou l'assortit d'un réengagement ne respecte pas les règles du dispositif.
- Demander à votre éditeur s'il a candidaté au référencement vague 2, et quand il prévoit votre installation.
- Vérifier le bon de commande : une ligne Ségur seule, la mention de prise en charge par l'État, aucune autre prestation.
- Réclamer les trois clés de sécurité et une formation d'une heure pour chaque utilisateur, préparateurs compris.
- Ne signer la vérification d'aptitude qu'une fois les fonctions réellement disponibles.
- Préparer, si votre officine relève du régime de minimis, la liste des aides du même type déjà reçues.
À retenir
- Arrêté du 29 octobre 2026 (JO du 3 novembre) : lancement de la vague 2 du Ségur numérique pour les logiciels d'officine.
- L'État paie l'éditeur, pas le pharmacien ; l'ANS gère et contrôle.
- Selon le projet de l'ANS : reste à charge nul, 3 clés de sécurité, 1 heure de formation par utilisateur, maintenance jusqu'à 4 ans.
- Commande non conditionnable à un réengagement ou à un achat.
- Plafonds de 918 à 1 285 € TTC selon le chiffre d'affaires ; selon les cas, aides de minimis déjà reçues à déclarer.
- Bon de commande signé dans les 19 mois, mise à jour réalisée dans les 27 mois.
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