Facturation électronique : les pharmacies restent concernées, malgré le vote de l'Assemblée
Le 3 novembre 2026, l'Assemblée nationale a adopté un amendement au budget 2027 exemptant les micro-entreprises et les PME de la facturation électronique. Le lendemain, elle a rejeté la première partie du projet de loi de finances : le texte, et l'amendement avec lui, sont tombés. Le calendrier reste celui de la DGFiP : réception depuis le 1er septembre 2026, émission au 1er septembre 2027. Ce que la pharmacie doit faire.
Le mardi 3 novembre 2026, l'Assemblée nationale a adopté, en première lecture du projet de loi de finances pour 2027, l'amendement n° I-3426. Il prévoyait que les obligations de facturation électronique et de transmission de données (e-reporting) ne s'appliquent pas aux micro-entreprises, aux PME et aux exploitants agricoles, sans limite de durée. Mais le 4 novembre, l'Assemblée a rejeté la première partie du projet de loi (0 voix pour, 458 contre) : en application de son règlement, le texte est considéré comme rejeté en première lecture, et les amendements adoptés tombent avec lui. Le projet de loi est transmis au Sénat. À ce jour, le calendrier de la réforme reste donc celui rappelé par la DGFiP : depuis le 1er septembre 2026, toute entreprise, quelle que soit sa taille, doit être en mesure de recevoir des factures électroniques par l'intermédiaire d'une plateforme agréée ; au 1er septembre 2027, les PME et micro-entreprises devront aussi émettre leurs factures à destination des professionnels sous forme électronique. Selon la DGFiP, pendant la phase de démarrage, les sanctions ne sont pas appliquées aux entreprises engagées dans une trajectoire sérieuse de mise en conformité, mais l'obligation n'est ni reportée ni suspendue. Cette réforme fiscale est distincte des nouvelles règles de facturation à l'Assurance maladie prévues par le PLFSS 2027.
« L'Assemblée a voté l'exemption des PME, on n'est plus concernés par la facture électronique. » L'information circule depuis le 3 novembre. Elle est fausse à ce jour : l'amendement a bien été adopté, mais il est tombé le lendemain avec le rejet du budget. Pour la pharmacie, le calendrier de la réforme ne change pas.
Ce qui a été voté le 3 novembre
Le mardi 3 novembre 2026, en première lecture du projet de loi de finances pour 2027, l'Assemblée nationale a adopté l'amendement n° I-3426, déposé par le groupe LFI. Il prévoyait que les obligations de facturation électronique et de transmission de données ne s'appliquent pas :
- aux micro-entreprises et aux petites et moyennes entreprises ;
- aux exploitants agricoles.
L'exposé de l'amendement parle d'un moratoire, à maintenir tant qu'aucun portail public gratuit de facturation n'est déployé. Le texte, lui, ne fixe aucune durée.
Pourquoi il ne s'applique pas
Le mercredi 4 novembre, l'Assemblée a rejeté la première partie du projet de loi de finances, celle consacrée aux recettes : 0 voix pour, 458 contre. En application de son règlement, quand la première partie n'est pas adoptée, le projet de loi est considéré comme rejeté en première lecture.
Conséquence : les amendements adoptés en séance, dont celui du 3 novembre, ne figurent pas dans le texte transmis au Sénat. L'exemption n'existe dans aucun texte en vigueur. Elle ne pourrait revenir que si elle était réintroduite au cours de la suite de la navette, puis inscrite dans la loi de finances promulguée.
Le calendrier qui s'applique
| Échéance | Ce que doit faire la pharmacie, selon la DGFiP |
|---|---|
| Depuis le 1er septembre 2026 | Être en mesure de recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs, en ayant choisi une plateforme agréée |
| Au plus tard le 1er septembre 2027 | Émettre ses factures sous forme électronique, via une plateforme agréée, à destination des professionnels établis en France |
Les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire émettent déjà leurs factures sous forme électronique depuis le 1er septembre 2026. La DGFiP précise que l'obligation de réception n'entraîne pas celle d'émettre : une PME n'a pas à émettre de factures électroniques avant le 1er septembre 2027, mais elle doit pouvoir recevoir celles qu'on lui adresse.
Et les sanctions ?
Le ministre de l'Action et des Comptes publics a annoncé le 11 juillet une approche de « tolérance et de bienveillance » au démarrage. Le guide pratique de la DGFiP précise :
- pendant la phase de démarrage, pas d'application des sanctions aux entreprises qui rencontrent des difficultés mais sont engagées dans une trajectoire sérieuse de mise en conformité ;
- cette approche ne signifie pas que l'obligation est reportée ou suspendue ;
- pour la réception, le défaut de recours à une plateforme agréée donne lieu à une mise en demeure avant sanction ;
- la tolérance ne couvre pas le refus durable d'entrer dans le dispositif.
Ce que la pharmacie doit faire
- Vérifier qu'une plateforme agréée est bien choisie pour la réception : la liste est publiée sur impots.gouv.fr. Un logiciel existant peut être conservé s'il est connecté à une plateforme agréée.
- Interroger son éditeur de logiciel et son expert-comptable sur la préparation de l'émission au 1er septembre 2027.
- Garder une trace des démarches engagées : c'est ce que l'administration regardera en cas de difficulté.
La DGFiP ne publie pas de consigne propre à l'officine sur le traitement des ventes aux patients ou du tiers payant. Sur ces points, l'éditeur du logiciel et l'expert-comptable restent les interlocuteurs.
À ne pas confondre
Cette réforme fiscale, pilotée par la DGFiP, concerne les factures entre entreprises. Elle n'a rien à voir avec les nouvelles règles de facturation à l'Assurance maladie prévues par l'article 32 du PLFSS 2027 (délais de transmission en tiers payant, logiciels agréés).
À retenir
- L'exemption des micro-entreprises et des PME a été adoptée le 3 novembre, mais elle est tombée le 4 avec le rejet de la première partie du budget 2027.
- Le texte part au Sénat sans cette disposition.
- Depuis le 1er septembre 2026 : réception des factures électroniques via une plateforme agréée.
- 1er septembre 2027 : émission pour les PME et micro-entreprises.
- Tolérance au démarrage pour les entreprises de bonne foi, mais pas de report.
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